Początki XXVIII Liceum Ogólnokształcącego datujemy na marzec 1992 roku. Wtedy to Kuratorium Oświaty w Krakowie zatwierdziło program szkoły o profilu biologiczno-chemicznym z rozszerzoną edukacją ekologiczną. Szkoła rozpoczęła pracę we wrześniu 1992 roku w tymczasowej siedzibie na os. Na Stoku 52.
1 września 1995 roku szkoła wprowadziła się do nowej siedziby przy ulicy Czackiego 11. 19 października dokonano uroczystego poświęcenia szkoły.
W 1996 roku w XXVIII LO odbył się pierwszy egzamin maturalny.
W 2000 roku oddano do użytku nowoczesną salę gimnastyczną, poświęconą 30 września 2000 roku.
Szkoła aktywnie uczestniczy w programach i wymianach międzynarodowych. To kameralna, bezpieczna, nowoczesna szkoła, w której panuje przyjazna atmosfera. Młodzież uczy się w nowoczesnych, dobrze wyposażonych salach. Bierze udział w wielu konkursach i projektach. Dobrze zdaje egzamin maturalny.
Patronem liceum jest Wojciech Bednarski, wielki podgórzanin, wspaniały nauczyciel. Dzięki Niemu XXVIII Liceum Ogólnokształcące świetnie wpisuje się w edukacyjną mapę Krakowa.
